Input example  mase
;
seq1
AGCGUUUACGCU
;
HELIX_seq1
((((....))))
;seq2
UGCGUUUACGCG
;
HELIX_seq1
((((....))))
...

Input example fasta:
>seq1
AGCGUUUACGCU
>HELIX_seq1
((((....))))
>seq2
UGCGUUUACGCG
>HELIX_seq1
((((....))))
...